目前，我国冷链物流存在四大问题：一是完整独立的食品冷链体系尚未成形。从整体冷链体系而言，我国的食品冷链还未形成体系，目前大约90%肉类、80%水产品、大量的牛奶和豆制品基本上还是在没有冷链保证的情况下运销，冷链物流发展的滞后在相当程度上影响着食品产业的发展。 

     二是食品冷链的市场化程度很低，第三方介入很少。我国易腐食品除了外贸出口的部分外，国内销售部分的物流配送业务多由生产商和经销商完成，食品冷链的第三方物流发展十分滞后，服务网络和信息系统不够健全，准确性和及时性，同时食品冷链的成本和商品损耗亦很高 

     三是食品冷链的硬件设施建设不足。原有设施设备陈旧，发展和分布不均衡，无法为易腐食品流通系统地提供低温保障。由此产生两个直接后果，第一个是易腐食品特别是初级农产品的大量损耗，由于运输过程中损耗高，整个物流费用占到易腐物品成本的70%，而按照国际标准，易腐物品物流成本最高不超过其总成本的50%。第二个是食品安全方面存在巨大隐患。 

    四是食品冷链缺乏上下游的整体规划和整合。由于我国农业产业化程度和产供销一体化水平不高，虽然产销量很大，但在初级农产品和易腐食品供应链上，既缺乏食品冷链的综合性专业人才，也缺乏供应链上下游之间的整体规划与协调，因此在一些局部发展中存在严重失衡和无法配套的现象，整体发展规划的欠缺影响了食品冷链的资源整合以及行业的推动。